Historien om Seinen begynte lenge før Paris eksisterte. I romertiden bosatte Parisii-stammen seg langs bredden, og la grunnlaget for det som skulle bli Lutetia, det gamle navnet på Paris. Etter hvert som handelen blomstret, ble Seinen en viktig pulsåre for transport av varer, mennesker og ideer, noe som gjorde Paris til et blomstrende handelssentrum.
Gjennom middelalderen og inn i renessansen fortsatte Seinen å fungere som Paris' sentrale rute for handel, reiser og utvikling. Kunstnere og forfattere hentet endeløs inspirasjon fra strømmen. Og under mørkere kapitler som den franske revolusjonen og verdenskrigene bar elven stille vitnesbyrd om både triumf og tragedie.